Tuy nhiên cho đến nay Tháp Ponagar vẫn còn là một công trình nhiều bí ẩn về lối kiến trúc. Đã có rất nhiều nhà khoa học, nhà nghiên cứu đến đây khảo cứu, tìm hiểu về cách xây những viên gạch thành những quần thể độc đáo và vững chắc.

Với những giá trị đặc sắc về kiến trúc, năm 1979 quần thể Tháp Bà Ponagar Nha Trang đã được Bộ Văn hóa – Thông tin (nay là Bộ văn hóa, thể thao và Du lịch) xếp hạng di tích kiến trúc nghệ thuật cấp Quốc Gia.

Trong khuôn viên quần thể Tháp Ponagar được chia thành 3 lớp: Lớp dưới cùng là cổng chính, cổng phụ, tường rào bảo vệ. Lớp giữa đối diện với tháp chính là khu kiến trúc tiền đình Mandapa gồm 22 trụ hình thành bát giác có chiều cao khác nhau. Lớp trên cùng gồm 4 tháp.

Tháp chính còn được gọi là dinh Bà, thờ nữ thần Ponagar. Tháp giữa (dinh Ông). Tháp phía Đông Nam  là dinh Cố và tháp phía Tây Bắc  là dinh Cô, Cậu. Đây là không gian chính để tổ chức các hoạt động văn hóa, lễ hội trong khuôn viên quần thể Tháp.

Nhờ nét độc đáo kiến trúc này mà Tháp Bà Ponagar Nha Trang đã thu hút nhiều lượt khách trong và ngoài nước đến tham quan, chiêm ngưỡng.

Cổng vào Tháp Ponagar.

Các cột lớn phía trước tháp chính.

Mandapa.

Du khách chụp ảnh làm kỷ niệm.

Khu tháp chính.

Du khách nước ngoài tỏ ra thích thú khi đến thăm quan Tháp Bà Ponagar.