Năm 1802, khi vua Gia Long lên ngôi, triều Nguyễn đóng đô ở Phú Xuân (Huế) và cho đắp đàn tế ở làng An Ninh vào năm 1803, đến năm 1806 thì khởi công xây đàn mới ở phía Nam kinh thành thuộc phường Trường An. Thăng Long mất vai trò là kinh đô và bị đổi thành trấn thành rồi tỉnh thành. Từ đó đàn Nam Giao ở Thăng Long không còn tổ chức lễ tế nữa.