Từ vị trí Tam quan nhìn vào chùa, chếch bên tay trái, cũng là lối đi vào là hồ nước rộng, có  công trình khổng lồ được dựng kiên cố, theo sơ đồ tham quan Chùa Đậu thì vị trí này là Tháp quan âm.

Kế bên Tháp quan âm là Bảo tháp Mạn đà la, Thủy đình di lặc, được xây mới ngay cạnh chùa Am (một trong những hạng mục nằm trong tổng thể kiến trúc chùa Đậu xưa kia). Ba kiến trúc nổi này được kết nối bằng một cây cầu bằng bê tông với hai điểm tiếp giáp tới khu vực được gọi là vườn thiền.

Từ vị trí Tam quan nhìn vào chùa phía bên tay phải cũng xuất hiện công trình mới, lợp mái tôn hoành tráng, cách Tam Bảo một bức tường. Theo sơ đồ tham quan di tích, đây là khu Giảng đường

Không chỉ Tháp quan âm, Bảo tháp Mạn đà la, Thủy đình di lặc mà hệ thống cửa, tường bao xung quanh cũng được dựng lên mới mẻ

Nhiều hạng mục quy mô lớn được xây dựng có dấu hiệu vi phạm Luật di sản văn hóa cũng như quy định hiện hành về bảo vệ, phát huy giá trị của di tích.

Theo tìm hiểu của phóng viên, việc xây dựng làm mới được diễn ra trong vòng 2 năm trở lại đây, nhà chùa đã xây dựng thêm nhiều công trình mới, có những ngày 40 nhân công làm việc liên tục. Trong dịp cuối tuần vừa qua, qua khảo sát tại chùa vẫn còn hơn 10 nhân công đang hì lục đào, xới; máy móc xúc đổ làm đường bao quanh khu vực chùa.